Pengambilan sampel sedimen dilakukan melalui metodologi purposive sampling, yaitu sampel sedimen dikumpulkan dari area sekitar sistem perakaran mangrove Rhizophora Mucronata, khususnya pada kedalaman 1 hingga 10 sentimeter.
Pengumpulan spesimen dilakukan dengan menggunakan pipa polivinil klorida (PVC) sesuai dengan prosedur yang diuraikan oleh Giannopoulos dkk. (2019).
Spesimen dikemas secara aseptik dan diawetkan dalam wadah es kering sebelum pengangkutan dan disimpan pada suhu -20℃ hingga penyelidikan laboratorium selanjutnya.
Sampel sedimen diambil pada Agustus 2022 dari dua ekosistem mangrove terpisah, Kuala Langsa dan Telaga Tujuh. Ekosistem mangrove di Kuala Langsa telah mengalami upaya rehabilitasi sejak tahun 2006.
Sedangkan ekosistem mangrove Telaga Tujuh merupakan ekosistem mangrove yang murni, masih asli, dan utuh yang diperkirakan telah bertahan setidaknya lebih dari dua abad yang lalu.
Kawasan hutan mangrove merupakan hutan yang tergolong hutan klimaks. Hal ini dibuktikan dengan melimpahnya vegetasi pada tingkat pohon dibandingkan dengan tingkat anakan dan semai. Rhizophora Mucronata, tumbuh di daerah pasang surut yang banyak mengandung bahan organik dan salinitas yang bervariasi.
Kandungan bahan organik dipengaruhi oleh komunitas bakteri yang menghuni ekosistem, namun informasi mengenai komunitas bakteri khususnya pada sistem perakaran mangrove belum banyak tersedia.
Terdapat beberapa tantangan dalam melengkapi informasi tersebut, salah satunya adalah metode yang digunakan masih dalam bentuk konvensional.
Perkembangan analisis DNA lingkungan dapat mendukung dan melengkapi informasi ini. Namun cara ini harus dioptimalkan karena kandungan bahan organik dan variasi garam mempengaruhi hasil ekstraksi.
Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk menentukan pendekatan optimal untuk mengekstraksi DNA bakteri dari sedimen mangrove.
Analisis menggunakan dua metodologi: teknik ekstraksi DNA manual berdasarkan modifikasi buffer dan kit ekstraksi DNA. Terdapat empat perlakuan yang berbeda, yaitu kit plus isolasi DNA tanah (M1), kit miniprep cepat DNA mikroba tinja/tanah (M2), bubuk kaca dengan arang (M3), dan bubuk kaca dengan susu skim (M4). Sampel DNA diperoleh dari masing-masing metode dan dinilai konsentrasi dan kemurniannya menggunakan nanodrop.
Selain itu, kualitas DNA yang dihasilkan dianalisis menggunakan agarosa 1,5%. Hasil yang diperoleh pada perlakuan M2 menunjukkan hasil yang optimal dibandingkan dengan perlakuan lainnya.
M2 menggunakan metode pemukulan dan kolom putar berbasis manik untuk mencapai konsentrasi DNA optimal melalui berat molekul tinggi. DNA yang diperoleh juga bebas protein, dan beberapa sampel terkontaminasi humat.
Analisis laboratorium dilakukan pada bulan November 2022 hingga April 2023. Analisis parameter sedimen dilakukan di Laboratorium Ilmu Tanah yang berlokasi di IPB University, Indonesia. Isolasi DNA bakteri dilakukan di Gedung Genomics Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN), dilanjutkan dengan proses molekuler seperti Polymerase Chain Reaction (PCR) dan elektroforesis DNA yang dilakukan di PT. Ocenogen Baruga, Indonesia.
Lihat jurnal selengkapnya:
Maysaroh, S., M.S. Ismet, B. Subhan, R. Andini, E.R. Sembiring, N. P. Anggraini. 2023 dalam riset berjudul “Metode Ekstraksi DNA yang Efektif untuk Analisis Metagenomik Bakteri Rhizosfer dari Sedimen Mangrove” yang diterbit pada Depik Jurnal Ilmu-Ilmu Perairan, Pesisir dan Perikanan Institut Pertanian Bogor (IPB).
